Facebook Messengerin uuden ohjelmistopäivityksen myötä on viestien salaus nyt mahdollista. Toiminto ei ole oletuksena käytössä vaan se on otettava erikseen käyttöön jokaiselle viestiketjulle. Salaus parantaa merkittävästi tietoturvaa, sillä salatut viestit ovat luettavissa vain lähettäjän ja vastaanottajan laitteissa. Tekstin lisäksi salattuna voi lähettää myös kuvia ja tarroja. Sen sijaan esimerkiksi gif-kuvia tai video- ja äänipuheluja ei ole mahdollista salata tällä uudella tavalla. Salatut viestit voi halutessaan asettaa näkymään rajallisen ajan viidestä sekunnista yhteen vuorokauteen.